西二旗站是北京地铁昌平线的南起点站，是与城铁13号线的换乘站。车站形式为半地下一层、地上二层，四柱三跨框架式高架车站。其中的昌平线部分为高架侧式站台（二层），城铁13号线部分为地面侧式站台（一层），站厅位于地面一层。根据侧式站台的特征，车站采用了双四边形组合建筑断面形式，并以PTFE膜结构作为屋面和立面维护材料和结构，实现了内部基本无柱的长向大空间。

适应地铁交通需求的双四边形组合筒状空间被直接外现为建筑的造型，并采用了折纸状的结构和形式，实现了模数化、标准化、预制化的设计与建造，简洁、流畅而富于韵律感，真实而充分地体现了张拉膜材料和结构的特征，建筑形式也与结构、排水等要求相适应。车站的出入口大厅、雨篷等元素采用了一体化的建筑语汇。

地铁站内折纸状的圆孔穿孔铝板防护栏：

由于PTFE膜材料的半透光特性，白天的车站内可以透射进柔和而充分的自然光线，无须人工照明；到了夜晚，车站内的灯光透射出去，使得车站就像两条发光的纸灯笼，乘坐地铁回家的人远远就可以看到。